W ciągu kilku miesięcy zmienił poglądy, a w maju 1933 został współzałożycielem Ruchu Młodoreformacyjnego. Jego niechęć wobec nazizmu wzmogły ustawy norymberskie, które wykluczały osoby pochodzenia żydowskiego z Kościołów. Sprzeciw Niemöllera wynikał z innego rozumienia antysemityzmu, ochrzczeni Żydzi jego zdaniem nie powinni być represjonowani, ponieważ po przyjęciu chrztu przestają być Żydami. Niemöller wciąż podzielał jednak nazistowski antysemityzm w kwestii Żydów, którzy nie przyjęli chrztu, uważał, że są oni na wieki potępieni i źli. Sprzeciwiał się jednak prześladowaniom, twierdził, że Żydzi zostali wystarczająco ukarani przez Boga. We wrześniu 1933 założył „Związek Samopomocy Pastorów” (niem. Pfarrernotbund) – ogólnoniemiecką organizację, niosącą pomoc duchownym prześladowanym ze względów rasowych. Do końca roku należało do niej 6000 pastorów.
Niemöller z teologiem Karlem Barthem był jednym ze współautorów „Deklaracji z Barmen” (30 maja 1934), która odrzucała możliwość współpracy protestantów z narodowymi socjalistami. Na tej podstawie utworzył „Kościół Wyznający”, który odcinał się od duchownych, współpracujących z hitlerowcami, określając ich jako „odstępców od wiary”.