Potępiał też „Niemieckich Chrześcijan” za ich działania wrogie chrześcijaństwu i szerzenie nienawiści narodowościowej.

Mimo to niektórzy historycy jak R. Lammersdorf uważają, że do czasu stanowiącej punkt zwrotny konfrontacji z Hitlerem w styczniu 1934 roku „Niemöller prezentował się jako oportunista, który nie sprzeciwiał się politycznym celom Hitlera, a zwrócił się przeciw nazistom, dopiero gdy Hitler zagroził atakiem na Kościół”. W kazaniach jeszcze w 1935 roku zdarzały mu się akcenty antysemickie, a generalnie jego postawa nie dorównywała bardziej zdecydowanym towarzyszom z Kościoła Wyznającego, jak zapomniany dziś Hermann Maas.

Uwięzienie W styczniu 1934 wraz z grupą innych duchownych został zaproszony do Kancelarii Rzeszy w Berlinie, gdzie rozmawiał z Hitlerem. Spotkanie miało burzliwy przebieg. Hitler zarzucił Niemöllerowi działalność antypaństwową i nie przyjął jego zapewnień, że kieruje się on przekonaniami religijnymi oraz „troską o Trzecią Rzeszę”.