Wraz z upowszechnieniem się przeciwciał monoklonalnych zaistniała potrzeba rozróżnienia przeciwciał skierowanych przeciwko temu samemu antygenowi, ale wiążących się z różnymi epitopami. Jest to konieczne, ponieważ w zależności od wiązanego epitopu przeciwciało może wykazywać różne funkcje lub być używane w różnych celach. Przeciwciała monoklonalne określa się precyzyjnie, podając nazwę klonu. Przykładowo: przeciwciało anty-CD3 klon OKT3 wiąże inny epitop niż przeciwciało anty-CD3 klon SK7.
Dla przeciwciał monoklonalnych stosowanych w terapii opracowano, dość skomplikowany i wciąż dyskutowany, system nazewnictwa mający na celu ujednolicenie terminologii. System ten zakłada istnienie prefiksu, który może być dowolny (zwykle ustala go producent przeciwciała), następnie podaje się człon oznaczający ogólnie cel (antygen) dla danego przeciwciała, człon oznaczający pochodzenie przeciwciała (np. gatunek zwierzęcia) i sufiks -mab oznaczający przeciwciało monoklonalne. Przykładowo: jeżeli przeciwciało wiąże się z toksyną, to podaje się człon „-toks(a)-”, a jeżeli reaguje z antygenem nowotworowym, dodaje się człon „-t(u)-” (od ). Przeciwciała produkowane przez komórki mysie zawierają człon „-o-”, zaś przeciwciała humanizowane człon „-zu-”.