Zdecydowano wówczas o włączeniu się w struktury Polskiego Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów wraz z członkami Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych i Związku Ewangelicznych Chrześcijan. Wszystkie ugrupowania nie-baptystyczne wystąpiły z niego jednak 1947, co spowodowane było wewnętrznymi nieporozumieniami z baptystami. 3 maja 1947 został utworzony Związek Wolnych Chrześcijan, grupujący braci zamkniętych i otwartych, natomiast już 24 maja 1947 zbory braci otwartych stały się częścią Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego w PRL.
Zbory braci zamkniętych rozpoczęły funkcjonowanie poza oficjalną rejestracją. Tworzyło je w sumie około kilkudziesięciu wiernych i nie prowadziły one żadnej aktywności poza swoją wspólnotą. Główny zbór mieścił się w Orzeszu, został on zarejestrowany w 1956 jako „Zbór Chrześcijan bez Osobliwego Wyznania”. Dopiero początkiem lat 80. XX wieku Urząd do Spraw Wyznań zwrócił uwagę na zakładane przez braci zamkniętych nowe zbory, w związku z czym rozpoczął on prowadzenie działań w celu zarejestrowania ich wspólnot w jeden oficjalny związek wyznaniowy i tym samym objęcia ich swoją kontrolą.