Salinas oficjalnie wygrał wybory prezydenckie z 6 lipca 1988 r., uzyskując 50,48% poparcia (przez 60 lat kandydat PRI nie zdobył w wyborach mniej niż 70% głosów), jednak opozycja oskarżyła go o fałszerstwa wyborcze. Oficjalne wyniki wyborów są uznawane za kontrowersyjne, a ich okoliczności nie do końca są jasne.
Salinas, mimo że wygrał w niezbyt jasnych okolicznościach, okazał się zręcznym politykiem. Dzięki poparciu dla wolnego handlu z USA i eksportu zdołał poprawić sytuację gospodarczą kraju, zmniejszył też znacząco galopującą inflację. Sprzedał setki firm państwowych, a uzyskane stąd dochody przeznaczył na rozbudowę infrastruktury i wydatki socjalne. Otworzył gospodarkę Meksyku na inwestorów zagranicznych. Pozwolił też, po raz pierwszy od nacjonalizacji przemysłu naftowego w 1938 r., na wydobycie ropy amerykańskim koncernom naftowym. W latach 1991–1992 uczestniczył w negocjacjach z USA i Kanadą w sprawie utworzenia Północnoamerykańskiego Porozumienia Wolnego Handlu (NAFTA).