U schyłku prezydentury Salinasa, 1 stycznia 1994 r. wybuchło powstanie w stanie Chiapas, wywołane przez Zapatystowską Armię Wyzwolenia Narodowego, która żądała od prezydenta przeprowadzenia reform politycznych i gospodarczych. Zajęła ona cztery miasta w południowym Meksyku, jednak wkrótce armia federalna odzyskała większość terenu i doszło do podpisania zawieszenia broni pomiędzy rebeliantami a rządem.
Po wyborach prezydenckich w dniu 21 sierpnia 1994 r. Salinas został zastąpiony na stanowisku przez Ernesta Zedilla – również wywodzącego się z PRI.
Kontrowersje Po opuszczeniu urzędu w 1994 r. odleciał na Kubę, a następnie mieszkał w Wielkiej Brytanii i Irlandii.
W 1995 roku brata Salinasa - Raúl został oskarżony przez prokuraturę o zaaranżowanie zabójstwa wysoko postawionego działacza PRI, José Francisco Ruiza Massieu, a prywatnie swojego szwagra, który miał dysponować zbyt dużą wiedzą o nielegalnym finansowaniu brata byłego prezydenta. Raúl Salinas został uznany za winnego w styczniu 1999 roku, co w połączeniu z ujawnieniem transferów na szwajcarskie konta kilkuset milionów dolarów pochodzących z wątpliwych źródeł wpłynęło bardzo niekorzystnie na reputację PRI. Raúl Salinas wyszedł z więzienia w 2005 roku.