Po otwarciu w 1938 roku trumny stwierdzono, że wewnątrz znajdują się szczątki kośćca królowej pomieszane z resztkami zmurszałego drewna (prawdopodobnie z poprzedniej trumny) i resztki zetlałych szat. Na czaszce znajdowała się korona srebrna pozłacanaMichał Rożek, Groby królewskie w Krakowie. Kraków 1977, s. 280–281.. Sarkofag na trumnę królowej został ufundowany w 1840 roku przez cesarza Austrii i króla Galicji Ferdynanda I, jak głosi inskrypcja na grobowcu.
Jej imię nosiły statki gdańskie Marie, Die Königin von Polen (trzy statki), Maria Casimira Königin von PolenMarek Arpad Kowalski, Kolonie Rzeczypospolitej, Warszawa 2005, s. 75..
Kontrowersje Późniejsi publicyści (Kazimierz Waliszewski i Tadeusz Boy-Żeleński) wyolbrzymili jej wpływ na Jana Sobieskiego, w rzeczywistości królowa ułatwiała Sobieskiemu zbliżenie z Francją, ale jej samej nie udało się doprowadzić do sojuszu w 1692 z powodu sprzeciwu Sobieskiego.