Wybory jednak pozostały wysoce dyskusyjne z co najmniej paru powodów: Obliczanie głosów w stanie Floryda, którego głosy elektorskie zadecydowały ostatecznie o wyniku, trwało dość długo po wyborach. Wiele osób wciąż kwestionuje rzetelność sposobu obliczania (rzekomo wadliwe karty do głosowania, skreślenie na kilka dni przed wyborami z list ponad 50 000 wyborców bez podania przyczyn przez władze Florydy (oficjalnie tłumaczono to potem „technicznymi błędami”, dodając, iż „prawo nie działa wstecz”). Wedle krytyków nie bez znaczenia jest fakt, iż bratem republikańskiego kandydata był właśnie ówczesny gubernator Florydy, Jeb Bush. Większość wykreślonych była zarejestrowanymi demokratami Ostateczną decyzję o przyznaniu głosów elektorskich podjął Sąd Najwyższy Stanów Zjednoczonych, co wywołało oskarżenia o polityczną stronniczość (przewaga konserwatystów). Po raz pierwszy od roku 1888 prezydentem ogłoszono kandydata, który uzyskał mniej głosów powszechnych niż jego pokonany oponent (choć mogło to też mieć miejsce w roku 1960 – z uwagi na niemożność ustalenia liczby głosów uzyskanych przez Kennedy’ego w Alabamie). Niektórzy eksperci twierdzą, iż większością zaledwie kilkudziesięciu głosów na Florydzie wygrał jednak Al Gore, choć brak na to zdaniem drugiej strony przekonujących dowodów. Ostatecznie różnica między Bushem a Gore’em