Pomnik był jednym z pierwszych w Europie monumentów poświęconych lotnictwu.
W 1942 na cokole pojawiły się kotwice Polski Walczącej wykonane przez Jana Guta i Jana Bytnara „Rudego” za pomocą specjalnie skonstruowanego przez „Rudego” tzw. wiecznego pióra. Po wojnie dwa kamienne bloki z cokołu, w tym ten ze śladem kotwicy, zostały przeniesione pod budynek Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego w Warszawie, a w 1981 pod Muzeum Woli.
W 1944 pomnik został zniszczony przez Niemców podczas planowego wyburzania miasta po upadku powstania warszawskiego. Fragmenty rzeźby odnaleziono po wojnie na terenie wolskich zakładów Lilpop, Rau i Loewenstein
Szczątki oryginalnego cokołu pomnika Lotnika zostały porzucone w parku im. 13 września 1944 (od 2005 park im. płk. Jana Szypowskiego „Leśnika”) na Grochowie. Fragment cokołu został również wykorzystany do budowy pomnika Pamięci Pilotów RAF na WoliIrena Grzesiuk-Olszewska: Warszawska rzeźba pomnikowa, Wydawnictwo Neriton, Warszawa 2003, s. 88. oraz pomnika Grenadierów przy ulicy Grenadierów.