W sezonach 1941/1942 i 1942/1943 Bologna ustępowała silniejszym drużynom z Mediolanu i Turynu w walce o tytuł mistrza Włoch, zajmując odpowiednio siódme i szóste miejsce w ligowej tabeli.
Lata 1945–1979 Po zakończeniu II wojny światowej w 1946 roku drużyna zdobyła Coppa Alta Italia, czyli turniej pocieszenia pomiędzy drużynami które odpadły z rund finałowych rozgrywek Divisione Nazionale 1945/1946 oraz Serie B i Serie C. W latach 1946–1954 klub zajmował miejsca między piątym a szesnastym. Sezony 1954/1955, 1955/1956 i 1956/1957 to odpowiednio czwarte i dwa razy piąte miejsca w tabeli. Sezon 1957/1958 to szóste miejsce w tabeli. Sezony 1958/1959 i 1959/1960 to odpowiednio dziesiąte i piąte miejsce w tabeli. Na początku lat sześćdziesiątych XX wieku, wraz z przybyciem Fulvio Bernardiniego, byłego trenera Fiorentiny, mistrza Włoch w latach 1955/1956, do grających już Ezio Pascuttiego i Francesco Janicha dołączyli młodzi zawodnicy: Giacomo Bulgarelli, Romano Fogli, Paride Tumburus, Mirko Pavinato, Helmut Haller oraz młody środkowy napastnik Harald Nielsen. Sezon 1962/1963 zespół zakończył na czwartym miejscu w tabeli.