4 marca 1964 roku w drużynie wybuchła afera dopingowa: pięciu zawodników (Pavinato, Romano Fogli, Paride Tumburus, Marino Perani i Ezio Pascutti) uzyskało wynik pozytywny po testach przeprowadzonych miesiąc wcześniej przy okazji meczu z Torino FC. Zawodnicy, trener i klubowy lekarz zostali zawieszeni na 18 miesięcy a klub ukarany trzema ujemnymi punktami. Analizy wykonane kilka tygodni później nie wykazały nieprawidłowości i piłkarze, trener i lekarz zostali uniewinnieni a trzy punkty zostały zwrócone oraz zawieszenia zostały anulowane. 7 czerwca 1964 roku, trzy dni po śmierci wieloletniego prezydenta klubu Renato Dall’Ary, na stadionie w Rzymie zespół z Bolonii pokonał Inter Mediolan 2:0 i zdobył swój siódmy tytuł mistrza Włoch. Rok po siódmym zdobyciu Scudetto drużyna brała udział w Pucharze Europy 1964/1965 i została wyeliminowana w rundzie wstępnej przez Anderlecht, co zostało rozstrzygnięte na korzyść Belgów w meczu barażowym w Barcelonie przez rzucenie monetą. W sezonie 1964/1965 roku Bologna zajęła szóste miejsce w lidze. Po tym sezonie na trenera klubu został wybrany Argentyńczyk Luis Carniglia. Wyniki zespołu szybko się poprawiły: zespół zajął drugie miejsce w latach 1965/1966 i trzecie w latach 1966/1967.