W sezonie 1978/1979 drużyna po remisie z AC Perugia Calcio 2-2, uratowała się przed spadkiem do Serie B.
Afera Totonero, podwójny spadek, powrót do elity i europejskich pucharów Sezony 1979/1980 i 1980/1981 to siódme miejsca w tabeli, a sezon 1980/1981 drużyna z Bolonii zaczynała z bilansem 5 ujemnych punktów po aferze „Totonero”. W sezonie 1981/1982 drużyna z Bolonii zajęła piętnaste miejsce w tabeli i po raz pierwszy pożegnała się z najwyższą klasą rozgrywek we Włoszech. Sezon 1982/1983 w Serie B klub zakończył na siedemnastym miejscu co zakończyło się kolejnym spadkiem, tym razem do Serie C1. Po jednorocznym pobycie na trzecim szczeblu rozgrywek we Włoszech, Bologna awansowała w sezonie 1983/1984 do Serie B. Lata 1984–1988 Bologna spędziła na zapleczu Serie A. W sezonie 1987/1988 drużyna wygrała rozgrywki Serie B i ponownie awansowała do najwyższej klasy rozgrywkowej we Włoszech. W sezonie 1988/1989 po trudnym starcie, Bologna zdołała uratować się przed spadkiem zajmując czternaste miejsce. W sezonie 1989/1990 zespół zajął ósme miejsce w ligowej tabeli co pozwoliło na udział w Pucharze UEFA w sezonie 1990/1991.