Nowi właściciele dodatkowo umocnili twierdzę i wybudowali w niej meczet z minaretem.

W międzyczasie, w kwietniu 1596, Chorwatom dowodzonym przez splickiego szlachcica Ivana Alberti udało się zaskoczyć Turków i odbić twierdzę, ale miesiąc później Klis ponownie dostał się w ręce tureckie. Kolejne próby przejęcia fortecy kończyły się porażkami, aż do 1648 roku, kiedy wenecka armia pod dowództwem Leonarda Foscolo zdobyła Klis po 10 dniach oblężenia. Był to jeden z największych sukcesów Wenecji w Wojnie Kandyjskiej.

Twierdza została gruntownie odnowiona i rozbudowana. Pozostawała w rękach Wenecji do 1797 roku, gdy zajęli ją Austriacy. Od 1805 do 1813 należała do Francuzów, po czym ponownie stała się własnością państwa Habsburgów. Sytuacja ta trwała do końca I wojny światowej. Wtedy Klis wszedł w skład Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców, a następnie Jugosławii. Ostatni raz wykorzystano Klis w celach wojskowych podczas II wojny światowej. Od 1941 do 1944 stacjonował w nim garnizon włoskich i niemieckich oddziałów okupacyjnych. Po wojnie twierdza wróciła do Jugosławii, by w 1990 stać się własnością niepodległej Chorwacji.