Decyzja o powstaniu tych dwóch prowincji została zaskarżona do Trybunału Konstytucyjnego, który w 2004 r. usankcjonował powstanie prowincji Irian Jaya Barat, lecz uznał za niezgodne z prawem powstanie prowincji Irian Jaya Tengah (rozbieżność orzecznictwa wynikała z tego, że w prowincji Irian Jaya Barat powstała do tego czasu w miarę sprawna administracja, a w prowincji Irian Jaya Tengah nie). Ostatecznie obie prowincje zostały uznane przez następcę Megawati, Susilo Bambang Yudhoyono. thumb|Podział administracyjny Irianu Zachodniego (2022)

|301x301px

W 2006 roku do Australii przedostała się grupa uchodźców z Papui, wierdząc, że władze indonezyjskie dopuszczają się na tym obszarze czynów o charakterze ludobójczym.

7 lutego 2007 zmieniono nazwę prowincji Irian Jaya Zachodni na Papua Zachodnia (Papua Barat).