Słupkowie, zwykle dolne, rzadziej górne, tworzone jest przez trzy do sześciu owocolistków, z reguły zrośniętych i tylko u Lactoris niemal wolnych. Szyjka słupka ma trzy, sześć lub różną liczbę rozgałęzień lub jest zredukowana (u Hydnora i Prosopanche) i znamię jest siedzące. W zalążni rozwija się wiele zalążków, ułążonych kątowo w centralnej części. Owoce Najczęściej suche, pękające torebki, rzadziej mieszki i suche jagody, u Hydnoroideae aromatyczne, mięsiste jagody z licznymi nasionami i skórzastą skórką.
Fitochemia Kokornakowate zawierają komórki wydzielnicze produkujące olejki eteryczne. Zawierają alkaloidy, w tym charakterystyczną dla rodziny aporfinę. W komórkach obecna jest krzemionka.
Systematyka thumb|Liście kopytnika pospolitego thumb|Saruma henryi thumb|Kwiaty Hydnora triceps Rodzina kokornakowatych tradycyjnie w dawniejszych systemach uznawana była za blisko spokrewnioną z flaszowcowatymi Annonaceae m.in. z powodu podobieństwa budowy trójkrotnych kwiatów, obecności krzemionki, podobnych alkaloidów, tłuszczów w nasionach. Z resztą magnoliowych łączy tę rodzinę obecność komórek wydzielniczych produkujących olejki eteryczne. Kokornakowate tworzyły monotypowy rząd Aristolochiales w obrębie nadrzędu magnoliopodobnych Magnolianae w systemie Takhtajana z 1997.