Badania molekularne wykazały jednak wbrew wcześniejszym poglądom, że kokornakowate są rodziną siostrzaną dla pieprzowatych Piperaceae i saururowatych Saururaceae.
Badania molekularne nad DNA pozwoliły wykazać, że w obrębie rodziny kokornakowatych zagnieżdżone są pasożytnicze rośliny z rodzajów Hydnora i Prosopanche. Jak w przypadku innych roślin pasożytniczych, redukcja organów sprawiła, że wcześniej systematycy bardzo rozmaicie je klasyfikowali. W systemie Cronquista (1981) w randze rodziny Hydnoraceae zaliczane były do bukietnicowców Rafflesiales. W systemie Takhtajana (1997) i Reveala umieszczane były w monotypowym rzędzie Hydnorales obok Rafflesiales. Ich filogenetyczną przynależność do pieprzowców (Piperales) odkryto w XXI wiekuNickrent D. L. i in. 2002. Molecular data place Hydnoraceae with Aristolochiaceae. American J. Bot. 89. Do systemu APG III (2009) włącznie rośliny te klasyfikowane były w obrębie rodziny piestrzennikowatych Hydnoraceae w obrębie pieprzowców.