W źródłach istnienie jego notuje po raz pierwszy Kodeks Dyplomatyczny Katedry Wawelskiej z 1254 roku, wymieniając w nim górę pod Krakowem z kościołem św. Benedykta. Jan Długosz w swym dziele Liber beneficiorum wspomina o kamiennym kościele św. Benedykta.
Odnowiony dopiero w 1589 roku przez ks. Mikołaja Drozdowskiego, plebana bolechowskiego. Prawo patronatu należało do Krzysztofa z Komorowa, kasztelana sandomierskiego i Zbigniewa z Brześcia Lanckorońskiego, którzy w 1598 roku zrzekli się go na rzecz zakonników de Saxia od św. Ducha. Zrzeczenie aprobował biskup krakowski, kardynał Bernard Maciejowski, ustanawiając w 1605 prebendariuszem świątyni klasztor św. Ducha w Krakowie z obowiązkiem odprawiania w nim mszy świętej w piątek każdego tygodnia. Na dotację kościoła przeznaczono dochód z gruntów miejskich i tzw. roli Michałowskiej. Stan taki trwał do pierwszego rozbioru, tj. do roku 1772.