Po oddzieleniu Podgórza kordonem granicznym zakonnicy klasztoru św. Ducha przestali interesować się losami kościoła nie przynoszącego dochodu, a wymagającego wkładów na konserwację. Prawdopodobnie władze austriackie sprzedały dotację kościółka przy okazji kasowania w Galicji zakonów, przekazując uzyskaną kwotę do funduszu religijnego. Jednak jeszcze przez 15 lat odprawiane były w nim msze święte, dzięki inicjatywie kupca i obywatela podgórskiego Jędrzeja Hallera, który na własny koszt sprowadzał w tym celu księdza z Krakowa. Po śmierci Hallera w 1787 roku, kościółek zaczął chylić się ku upadkowi. Z początkiem lat sześćdziesiątych XIX w. zawisła nad nim groźba całkowitej zagłady, gdyż wojskowe władze Twierdzy Kraków sprzeciwiły się kategorycznie postulowanemu przez ks. Komperdę remontowi świątyni. Sprzeciw wojskowych wynikał z faktu, iż tuż obok wznosił się jeden z ważnych bastionów fortecznych – Fort 31 "Benedykt", któremu kościółek ograniczał pole ostrzału i w związku z tym – zdaniem austriackich dowódców – powinien jak najszybciej zniknąć ze wzgórza. Proboszcz Komperda postanowił przeciwstawić się decyzji komendantury wojskowej i złożył odwołanie do władz centralnych w Wiedniu. Po pewnym czasie udało mu się uzyskać przychylną decyzję, która umożliwiła ocalenie niszczejącego zabytkuMarek Żukow-Karczewski, Całe miasto mówiło...