W 1991 powstają rozgrywki Superligaen, do których Brøndby przystąpiło. W pierwszym sezonie ich istnienia zwycięża je, natomiast w 1993 i 1994 zdobywa trzecie miejsce. Także w 1994 zespół wygrał Puchar Danii, pokonując po rzutach karnych Næstved BK. W 1995 wywalczył wicemistrzostwo kraju oraz występował w Pucharze UEFA 1995/1996. W drugiej rundzie rozgrywek sensacyjnie wyeliminował Liverpool, jednak odpadł w 1/8 finału po przegranym dwumeczu z AS Roma. W 1996 klub zdobył szóste mistrzostwo kraju, później osiągnął ćwierćfinał Pucharu UEFA 1996/1997. W nim przegrał z hiszpańskim CD Tenerife. Następne lata przynoszą dalsze sukcesy w Superligaen – Brøndby zwyciężyło te rozgrywki w 1997, 1998, 2002 i 2005, zdobyło również sześć tytułów wicemistrza Danii (1999–2001, 2003, 2004, 2006), w 1998, 2003 i 2005 wygrało w pucharze kraju, a w sezonie 1998/1999 wystąpiło w fazie grupowej Ligi Mistrzów. W niej trafiło na Bayern Monachium, FC Barcelonę oraz Manchester United. Mimo zwycięstwa 2:1 w pierwszym meczu z Bayernem, przegrało m.in. spotkania z Manchestrem United 0:5 oraz 2:6, w związku z tym zajęło ostatnią pozycję w grupie. W sezonie 2005/2006 klub awansował do fazy grupowej Pucharu UEFA.