Zwyciężył z Maccabi Petach Tikwa i zremisował z RCD Espanyol, jednak przegrał z Lokomotiwem Moskwa i Palermo, przez co nie awansował do fazy pucharowej rozgrywek.
W sezonie 2006/2007 zespół zajął dopiero 6. miejsce w lidze, do zwycięskiego FC København stracił 27 punktów. W następnym sezonie, mimo ósmej pozycji w Superligaen, wywalczył szósty Puchar Danii w historii, pokonując w finale Esbjerg fB. W latach 2009–2011 Brøndby zdobyło 3. miejsce w ligowej tabeli. W sezonie 2012/2013 klub zmagał się z problemami finansowymi, oprócz tego po rundzie jesiennej zajmował ostatnie miejsce w lidze. Ostatecznie obronił się przed spadkiem oraz bankructwem. W następnym sezonie wywalczył 4. pozycję w Superligaen, a w kolejnym trzecie miejsce.
W sezonach 2016/2017 i 2017/2018 Brøndby zdobyło wicemistrzostwo kraju. W 2018 drużyna po 10 latach przerwy wygrała Puchar Danii (po spotkaniu z Silkeborgiem zakończonym wynikiem 3:1). W sezonie 2020/2021 klub wywalczył mistrzostwo Danii po 16-letniej przerwie. Dzięki temu, mógł wystąpić po wieloletniej nieobecności w eliminacjach do Ligi Mistrzów. W 4. rundzie przegrał z Red Bullem Salzburg, jednak mimo tej porażki zakwalifikował się do fazy grupowej Ligi Europy. W niej trafił na Spartę Praga, Olympique Lyon i Rangers. Z wynikiem dwóch punktów zajął ostatnią pozycję.