Okres wielu trenerów (1994–2001) Na początku sezonu 1994/1995 nowym trenerem zespołu został , jednak po słabych wynikach w Superligaen (w ośmiu pierwszych spotkaniach drużyna z Kopenhagi nie wygrała żadnego) został zwolniony. Jego miejsce zajął Benny Johansen. W Pucharze UEFA klub odpadł w pierwszej rundzie po porażce w dwumeczu ze Slovanem Bratysława (1:2). W lidze zajął 6. miejsce, jednak w finale Pucharu Danii pokonał Akademisk BK 5:0. Było to premierowe zwycięstwo FC København w tych rozgrywkach.
Od sezonu 1995/1996 nowym szkoleniowcem klubu został Michael Schäfer. W Superligaen zespół zajął 7. pozycję, natomiast w pierwszej rundzie Pucharu Zdobywców Pucharów przegrał z czeskim FC Hradec Králové.
W sezonie 1996/1997 nastąpiła kolejna zmiana na stanowisku szkoleniowca – nowym trenerem został . Klub długo znajdował się na pozycjach dających spadek z ligi, jednak ostatecznie zdobył 8. pozycję, która gwarantowała utrzymanie na kolejny sezon. W finale Pucharu Danii wygrał 2:0 z Ikast FS. Grał również w rozgrywkach Pucharu Intertoto, w których zajął 2. miejsce w fazie grupowej.