W sezonie 2000/2001 nowym trenerem został Roy Hodgson. W lidze po połowie sezonu zespół zajmował 5. miejsce. Wiosną nie przegrał ani jednego spotkania, dzięki temu w przedostatnim meczu rozgrywek zapewnił sobie drugie w historii mistrzostwo Danii.
Na początku sezonu 2001/2002 Hodgson został trenerem Udinese. W związku z jego odejściem, na stanowisko szkoleniowca powrócił Kent Karlsson. W sierpniu 2001 Szwed zrezygnował z tej funkcji z powodów osobistych. W międzyczasie klub walczył o awans do fazy grupowej Ligi Mistrzów, jednak w trzeciej rundzie eliminacji przegrał z Lazio.
Hans Backe (2001–2005) mały|Hans Backe, trener FC København w latach 2001–2005 17 września 2001 na stanowisko trenera FC København został wybrany Hans Backe. Mimo porażki z Lazio, zespół dalej rywalizował w europejskich pucharach. W Pucharze UEFA pokonał Obilić Belgrad i AFC Ajax, jednak w trzeciej rundzie rozgrywek dwukrotnie poniósł porażkę 0:1 z Borussią Dortmund. W Superligaen jesienią tracił 10 punktów do prowadzącego Brøndby, natomiast w rundzie wiosennej ponownie nie przegrał żadnego spotkania. W przedostatniej kolejce zremisował 1:1 w derbach Kopenhagi, przez to przegrał tytuł mistrzowski z lokalnym rywalem, zdobywając na koniec sezonu 2. miejsce.