W sezonie 2006/2007 klub po raz pierwszy w historii wywalczył awans do fazy grupowej Ligi Mistrzów – w decydującym dwumeczu pokonał 3:2 Ajax. W grupie trafił na Manchester United, Celtic i Benficę. Zajął 4. miejsce z 7 punktami. W lidze ponownie wywalczył mistrzostwo Danii, natomiast w finale pucharu przegrał 1:2 z Odense.
W sezonie 2007/2008 zespół ponownie przystępował do eliminacji Ligi Mistrzów. W drugiej rundzie wyeliminował Beitar Jerozolima, jednak po starciu z Benficą odpadł z rozgrywek. Ostatecznie zakwalifikował się do fazy grupowej Pucharu UEFA po wygranym 3:2 dwumeczu z RC Lens. W niej rywalizował z Panathinakosem, Lokomotiwem Moskwa, Atlético Madryt oraz Aberdeen. W końcowej tabeli zajął 4. miejsce. Po rundzie jesiennej w Superligaen klub tracił 2 punkty do prowadzącego Aalborga, jednak gorsze wyniki wiosną spowodowały zdobycie 3. miejsca na koniec sezonu.