W eliminacjach do Pucharu UEFA w sezonie 2008/2009 zespół pokonał Cliftonville, Lillestrøm SK oraz FK Moskwa. W fazie grupowej zajął 3. miejsce, dzięki czemu uzyskał awans do 1/16 finału. W tej rundzie rozgrywek mierzył się z Manchesterem City, z którym przegrał 3:4 w dwumeczu. Po rundzie jesiennej w lidze tracił 2 punkty do Brøndby, jednak w pierwszym meczu na wiosnę zwyciężył w derbach Kopenhagi 1:0. W kolejnym starciu tych drużyn FC København ponownie pokonał lokalnego rywala, tym razem 4:0. Po wygranej 1:0 z Esbjergiem zapewnił sobie siódme mistrzostwo kraju. W finale Pucharu Danii zmierzył się z Aalborgiem, z którym wygrał 1:0 po golu Williama Kvista.
Sezon 2009/2010 w rozgrywkach europejskich FC København rozpoczął od eliminacji do Ligi Mistrzów. W nich pokonał Mogren Budva oraz Stabæk Fotball, jednak w ostatnim starciu przegrał z cypryjskim APOEL FC. W fazie grupowej Ligi Europy zajął drugą pozycję, jednak w 1/16 finału został pokonany przez Olympique Marsylia. Natomiast w lidze ponownie zdobył mistrzostwo Danii, mając w końcowej tabeli 9 punktów przewagi nad drugim Odense.