Niemniej w wielu miejscach jego zwolennicy wystąpili z bronią w ręku przeciw władzy sowieckiej.

W ślad za oddziałami Wehrmachtu postępowały cztery specjalne grupy operacyjne SD i policji bezpieczeństwa. Ich zadaniem było mordowanie Żydów, komunistów oraz wszystkich innych osób uznawanych za zagrożenie dla niemieckiego panowania. Miały także potajemnie podburzać ludność podbitych ziem do wystąpień antyżydowskich. 29 czerwca 1941 roku SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich skierował do dowódców Einsatzgruppen dalekopis, w którym – powołując się na wytyczne przekazane im jeszcze przed inwazją na ZSRR – przypominał:

Niemcy zdawali sobie sprawę, że miejscowa ludność nie będzie w stanie wyręczyć ich w całkowitej eksterminacji społeczności żydowskich. Podżegając do pogromów zamierzali natomiast uwikłać ją we współpracę z nowym okupantem, a w szczególności uzyskać odpowiedni efekt propagandowy – poprzez stworzenie wrażenia, iż eksterminacja Żydów cieszy się szerokim poparciem wśród podbitych narodów.

Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej na obszarze Litwy doszło do co najmniej 40 pogromów, w których zginęło około 10 tys. Żydów. Największy miał miejsce w Kownie.