Kowno w pierwszych dniach wojny thumb|Litewscy „partyzanci” na ulicach Kowna Kowno, przedwojenna stolica Litwy, w przededniu niemieckiej inwazji liczyło ok. 155–160 tys. mieszkańców. Liczebność miejscowej społeczności żydowskiej wynosiła od 30 tys. do 45 tys. osób.
W pierwszym dniu wojny Luftwaffe zbombardowała lotnisko w Kownie. Armia Czerwona nie podjęła próby utrzymania miasta. Wojsko i pracownicy aparatu okupacyjnego przystąpili do pośpiesznej ewakuacji, a miasto pogrążyło się w chaosie. Tomasz Szarota podawał, że Sowieci nie zdążyli nawet wywieźć na wschód lub wymordować ponad 1900 więźniów, których przetrzymywali w miejscowym więzieniu, aczkolwiek z innych źródeł wynika, że 23 czerwca ewakuowano do Mińska co najmniej 115 więźniów politycznych, których następnie w większości wymordowano podczas „marszu śmierci” do Czerwienia. Z Kowna uciekło w tych dniach kilka tysięcy Żydów.