Jeszcze przed wkroczeniem wojsk niemieckich „partyzanci” dopuścili się mordów i grabieży na kowieńskich Żydach. Szarota przypuszczał, że pierwsze ofiary śmiertelne padły 24 czerwca. Tego dnia rozpoczęły się także aresztowania w domach i na ulicach. Nastroje w mieście podgrzewała prasa LAF oraz kontrolowana przezeń rozgłośnia radiowa, które szerzyły antysemicką propagandę i budowały atmosferę strachu przed rzekomymi komunistycznymi oraz żydowskimi dywersantami. Pułkownik Jurgis Bobelis, komendant miasta z ramienia LAF, zagroził, że w przypadku ostrzelania wkraczających do miasta żołnierzy Wehrmachtu za każdego zabitego Niemca zostanie rozstrzelanych 100 Żydów. Zdaniem Szaroty wydarzeń z dni poprzedzających wkroczenie armii niemieckiej nie można jeszcze określać mianem pogromu, niemniej już wtedy powstała sprzyjająca mu atmosfera.