Na wieść o rozpoczęciu niemieckiej inwazji w Kownie doszło do antysowieckiego wystąpienia zbrojnego. „Partyzanci” nie podjęli jednak próby zdobycia ważnych gmachów lub zakładów przemysłowych, ograniczając się do atakowania pojedynczych czerwonoarmistów. Dopiero 23 czerwca, gdy Sowieci opuścili miasto, działacze LAF opanowali rozgłośnię radiową i proklamowali powstanie litewskiego rządu tymczasowego z Kazysem Škirpą na czele. Na dachu nieukończonego kościoła Zmartwychwstania Pańskiego zatknięto litewską flagę. LAF nie sprawował jednak kontroli nad wszystkimi „partyzantami”. Na terenie miasta operowało w tym czasie kilka działających na własną rękę oddziałów, do których dołączali litewscy dezerterzy z Armii Czerwonej, osoby mające prywatne porachunki z władzą sowiecką, a także przedstawiciele marginesu społecznego i wypuszczeni z więzień kryminaliści.