Rapid Bukareszt CA Osasuna 0-0 Trabzonspor Kulübü FK Rabotnički Skopje 0-1 FC Basel US Palermo 3-0 West Ham United Feyenoord 0-0 Lokomotiw Sofia Club Brugge 1-1 MFK Ružomberok Bayer 04 Leverkusen 3-1 FC Sion FC Groningen 1-0 Partizan Belgrad FC Dinamo Bukareszt 4-1 Skoda Ksanti Tottenham Hotspur 1-0 SK Slavia Praga AFC Ajax 4-0 IK Start RCD Espanyol 3-1 FC Artmedia Petržalka SV Pasching 0-1 AS Livorno CalcioAJ Auxerre 3-1 Dinamo Zagrzeb
Faza grupowa W fazie grupowej zmierzą się zwycięzcy spotkań I rundy. 40 drużyn zostało podzielonych na osiem pięciozespołowych grup. Losowanie grup nastąpiło 3 października 2006 w Nyonie. Jedyna polska drużyna – Wisła Kraków znalazła się w grupie E.
Każda z drużyn rozegra po cztery mecze, dwa razy będąc gospodarzami, dwa razy grając na wyjeździe. Awansują trzy najlepsze drużyny z każdej grupy.