Do tych 24 zespołów dołączy osiem, które zajmą trzecie miejsca w grupach Ligi Mistrzów i od tego momentu rozgrywki będą się odbywać systemem pucharowym.
Grupa A Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizw. rem.por.zdob.str. 1 Rangers 4 10 3 1 0 8 42 Maccabi Hajfa 4 7 2 1 1 5 43 AS Livorno Calcio 4 5 1 2 1 5 54 AJ Auxerre 4 4 1 1 2 7 75 Partizan Belgrad 4 1 0 1 3 2 7
19 października 2006 AS Livorno Calcio 2-3 (1-2) RangersMaccabi Hajfa 3-1 (1-1) AJ Auxerre
2 listopada 2006 Rangers 2-0 (1-0) Maccabi HajfaPartizan Belgrad 1-1 (0-0) AS Livorno Calcio
23 listopada 2006 AJ Auxerre 2-2 (1-0) RangersMaccabi Hajfa 1-0 (1-0) Partizan Belgrad
29 listopada 2006 Partizan Belgrad 1-4 (1-3) AJ AuxerreAS Livorno Calcio 1-1 (1-0) Maccabi Hajfa
14 grudnia 2006 AJ Auxerre 0-1 (0-0) AS Livorno CalcioRangers 1-0 (0-0) Partizan Belgrad
Grupa B Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizw. rem.por.zdob.str. 1 Tottenham Londyn 4 12 4 0 0 9 22 Dinamo Bukareszt 4 7 2 1 1 6 63 Bayer 04 Leverkusen 4 4 1 1 2 4 54 Beşiktaş JK 4 3 1 0 3 4 75 Brugge 4 2 0 2 2 4 7
19 października 2006 Beşiktaş JK 0-2 (0-1) Tottenham LondynBrugge 1-1 (0-1) Bayer 04 Leverkusen
2 listopada 2006 Dinamo Bukareszt 2-1 (1-0) Beşiktaş JKTottenham Londyn 3-1 (1-1) Brugge
23 listopada 2006 Bayer 04 Leverkusen 0-1 (0-1) Tottenham LondynBrugge 1-1 (0-1) Dinamo Bukareszt