Po tym, jak ZAFT kradnie cztery z nich, młody Kira Yamato przez przypadek zaczyna pilotować Strike Gundam (piąty z prototypów) i jest zmuszony walczyć ze swoim dawnym przyjacielem Athrunem Zalą. Żaden z nich nie przypuszcza, że siły stojące za wybuchem wojny doprowadzą do niewyobrażalnej eskalacji.
Serial był bardzo dobrze przyjęty i wywarł znaczny wpływ na społeczność otaku w Japonii i poza nią. Część głównych bohaterów wciąż znajduje się na czele listy ulubionych postaci magazynu Newtype, a artykuły związane z serią sprzedały się w dużych nakładach.
W założeniach serial miał być światem Universal Century (w którym rozgrywała się akcja oryginalnej serii Gundam) odświeżonym dla nowego pokolenia fanów. Z tego powodu między oboma seriami jest wiele podobieństw. Aby dopasować się do oczekiwań współczesnych nastolatków, historia mocno koncentruje się na stosunkach między bohaterami, co skutkuje przedstawieniem wielopoziomowych i romantycznych przyjaźni. Głównym wątkiem historii jest traumatyczna przyjaźń Kiry i Athruna. Wielu fanów doceniło też staroświecki romans między pilotem Mu i kapitan Murrue. Dodatkowo, w serii występuje prawdziwy czarny charakter, Rau Le Creuset. W wielu seriach Gundam brakowało postaci tak jednoznacznie złej.