Kira początkowo odmawia ponownej walki, jednak ostatecznie siada za sterami mobila, podejmując się ochrony okrętu i znajdujących się na jego pokładzie ludzi. Późniejsza walka z ZAFTem doprowadza do zniszczenia Heliopolis. Archangel stara się dotrzeć do głównych sił Sojuszu Ziemskiego, cały czas ścigany przez oddział pod dowództwem Rau Le Creuset. Kira jest zmuszony walczyć ze swoim przyjacielem, pilotującym skradzionego GAT-X303 Aegis. Athrun kilkakrotnie stara się przekonać Kirę do dołączenia do ZAFTu (jako jedynej właściwej opcji dla Koordynatora), ale ten wciąż odmawia, czując się odpowiedzialny za załogę Archangela.
Przez zbieg okoliczności załoga Archangela ratuje popularną piosenkarkę Lacus Clyne (córkę przewodniczącego PLANT i narzeczoną Athrana). Natarle Badgiruel używa jej jako zakładnika, by przerwać walkę, w której ginie Wiceminister Spraw Zagranicznych Spojuszu George Allster. Kira, który się z nią zaprzyjaźnił i jest oburzony wykorzystaniem jej jako zakładnika, zwraca Lacus Athrunowi. Flay Allster, dyskryminująca Kirę za to, że jest Koordynatorem, po śmierci ojca oskarża go o brak zaangażowania w walce. Później przeprasza i udaje w stosunku do niego uczucie, wierząc że skłoni go w ten sposób do lepszej walki i zniszczenia wszystkich Koordynatorów. Gdy Archangel spotyka wreszcie 8.