Pozbawieni własnej inteligencji (która w zdecydowanej większości zmuszona została do wyjazdu w nowe granice Polski) Polacy musieli stawić czoła krwawym konfliktom, jakie rozlewały się wówczas po zachodnich rubieżach ZSRR. W latach 1945–1956 w Litewskiej SRR trwała walka pomiędzy komunistami a niepodległościowym podziemiem litewskim i polskim, której ofiarami padło od kilkudziesięciu do kilkuset tysięcy osób – uśmierconych w walkach lub wywiezionych na Syberię.
W Białoruskiej SRR pomiędzy Grodnem a Nowogródkiem działały do początku lat 50. polskie oddziały partyzanckie wywodzące się z Armii Krajowej. Były to zgrupowania związane z takimi strukturami jak Samoobrona Wołkowyska, Samoobrona Nowogródzka oraz Obwód AK 49/67 w rejonie Szczuczyna i Lidy. Walka z nimi powodowała zaostrzanie się sowieckiego terroru wobec zamieszkujących tam osób narodowości polskiej.