Wedle Clack mózgoczaszkę budują 3 połączone części. Pierwszą stanowią połączone kości sphenethmoid oraz kość klinowa podstawowa i parasphenoid. Drugą są oba błędniki. Ostatnia to kość potyliczna podstawowa z łukiem potylicznym. Kość klinowa podstawowa łączy się z potyliczną podstawową szwem kostnym (tworzą razem kość nazywaną nieprecyzyjnie parabasisphenoid), podobnie jak z prootic tworzącym błędnik. Otwór szyszynkowy leży w szerszej części wspomnianej kości. Występuje pojedyncza kostka słuchowa, kolumienka (strzemiączko). Sklepienie sphenethmoid poszerza się do przodu od oczodołów, kość ta ma liczne otwory. Największym przebiegać mogła żyła międzyoczodołowa, nerw trójdzielny, prawdopodobnie mięsień prosty oka i być może nerw wzrokowy, jak u Actinopterygia. Mniejsze otwory mieścić mogły nerw okoruchowy, jeszcze mniejszy – nerw bloczkowy. Być może w bruździe na przodzie kości wydostawały się zakończenia nerwu węchowego. Nie wiadomo, czy jakakolwiek część jamy nosowej kostniała, co stanowiłoby cechę rybią. Z kolei nerw twarzowy przebiegał przez duży otwór na styku sphenethmoid i prootic. Nierówne wyrostki basipterygoid processes prawdopodobnie stanowią miejsce przyczepu mięśni poruszających gałką oczną, wyrostki te przypominają spotykane u Anthracosauroidea czy Loxommatidae. Labirynt budują parzyste prootic i opisthotic.