W 1840 roku objął funkcję administratora parafii rzymskokatolickiej w Ustroniu, gdzie postawiono przed nim zadanie uspokojenia nastrojów i uporządkowania spraw w związku z suspendowaniem miejscowego proboszcza. Następnie został przeniesiony do parafii w Lesznej Górnej, a w kolejnym roku do zdominowanej przez ewangelików wsi Trzycież. W 1850 roku otrzymał nominację na dziekana jabłonkowskiego. Po pięciu latach został proboszczem w Jabłonkowie. W nowym miejscu przyczynił się do ożywienia życia religijnego, rozbudowy kościoła parafialnego oraz rozwoju edukacji wśród ludności. W 1864 roku w uznaniu zasług dla lokalnej społeczności władze austriackie mianowały go inspektorem szkolnictwa Księstwa Cieszyńskiego. Tę funkcję cywilną pełnił do 1868 roku.
Jego dokonania dostrzegły również władze kościelne. W 1859 roku Franciszek Śniegoń został mianowany radcą Generalnego Wikariatu, w 1866 roku sekretarzem komisariatu cieszyńskiego Generalnego Wikariatu, a w 1870 roku – komisarzem. W 1872 roku został zgłoszony jako kandydat na wikariusza generalnego austriackiej części diecezji wrocławskiej.