Szymon jest jednym z patronów Krakowa, studentów i parafii.
Dzień obchodów Jego wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 18 lipca.
Beatyfikacja i kanonizacja Szymona wcześnie otoczono kultem, nadając mu tytuł „spragnionego zbawienia wszystkich” – Salutis omnium sitibundus.
24 lutego 1685 papież Innocenty XI zaaprobował kult Szymona z Lipnicy jako błogosławionego. 27 lipca tegoż roku nastąpiło przeniesienie relikwiarza błogosławionego z Wawelu do kościoła bernardynów w Krakowie, na Stradomiu.
Proces kanonizacyjny rozpoczął się już w latach siedemdziesiątych XVIII wieku, był jednak kilkukrotnie przerywany wskutek zawieruch dziejowych i wojen. Został wznowiony dekretem watykańskiej Kongregacji Obrzędów 23 czerwca 1948, za pontyfikatu papieża Piusa XII.
19 grudnia 2005 papież Benedykt XVI wydał dekret o uznaniu cudownego uzdrowienia za wstawiennictwem bł. Szymona, jakie miało miejsce w Krakowie w 1943. Uzdrowiona została wówczas Maria Piątek, krakowska farmaceutka chora na zator mózgowy (sparaliżowana i pozbawiona mowy). 16 grudnia 2006 papież wydał dekret o uznaniu heroiczności cnót błogosławionego, następnie 23 lutego 2007 na konsystorzu kardynałów ustalono datę kanonizacji.