Od lipca 1482 do 6 stycznia 1483 Kraków dotknięty był epidemią cholery. Wówczas franciszkanie z klasztoru bernardynów, a wśród nich św. Szymon, niestrudzenie otaczali chorych opieką. O. Szymon gorliwie opiekował się chorymi i udzielał sakramentów. Wkrótce sam zachorował. Z pokorą znosząc cierpienia choroby, przy końcu życia wyraził pragnienie, aby pochowano go pod progiem kościoła, tak by wszyscy po nim deptali.
W szóstym dniu choroby, 18 lipca 1482 roku, umarł spokojnie z oczyma utkwionymi w krzyżu. Po śmierci Szymona odnotowano ponad 370 cudownych uzdrowień i łask przypisywanych jego wstawiennictwu; grób świętego odwiedzali liczni pielgrzymi.
Pamięci Szymona z Lipnicy poświęcony jest krótki wiersz po łacinie Serve Dei Simon, tu Francisci proles, autorstwa Władysława z Gielniowa.
Relikwie Relikwie świętego znajdują się w bocznej kaplicy kościoła pw. Świętego Bernardyna ze Sieny w Krakowie. Fragment relikwii został w 1923 przekazany do kościoła pw. św. Szymona w rodzinnej Lipnicy Murowanej, zbudowanego na miejscu jego domu. Ponadto fragment kości świętego został ofiarowany 23 października 2009 przez OO. Bernardynów parafii w Mikołajowicach (Małopolska).
Patronat
Św.