W 1999 roku Albelda ponownie został zawodnikiem Valencii. 16 września 2001 roku strzelił dla niej swoją pierwszą bramkę w wygranym 1:0 meczu przeciwko UD Las Palmas. W sezonie 2001/2002 razem z drużyną hiszpański zawodnik wywalczył piąte w historii klubu mistrzostwo Hiszpanii. Wówczas w linii pomocy Albelda grał najczęściej z Pablo Aimarem, Francisco Rufete i Vicente. 13 kwietnia 2003 roku Hiszpan zaliczył swój setny ligowy występ w barwach Valencii, a ta wygrała z CA Osasuna 1:0. W sezonie 2003/2004 „Nietoperze” ponownie sięgnęły po tytuł mistrza kraju. Zwyciężyli wówczas również w rozgrywkach Pucharu UEFA pokonując w finale Olympique Marsylia 2:0 oraz zdobyli Superpuchar Europy wygrywając z FC Porto 2:1. 24 września 2006 roku w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Barceloną Albelda po raz dwusetny wystąpił w ligowym pojedynku w barwach Valencii.