Pierwszy etap ekspansji na południu nastąpił w latach 70.
W 1947 roku brytyjskie władze kolonialne planowały połączenie terenów Sudanu Południowego z obecną Ugandą, ale plany te przekreśliła konferencja w Dżubie w czerwcu 1947 roku. Od uzyskania przez Sudan niepodległości w 1956 roku południowy region kraju dążył do niezależności. Od roku 1983 działała organizacja zbrojna SPLA dążąca do niepodległości regionu. W tym samym roku wybuchła też wojna domowa, jeden z najbardziej krwawych konfliktów na świecie, który pochłonął około 1,5 mln ofiar oraz zmusił do ucieczki kolejne 4 mln osób.
Ten długi okres zakończyło dopiero podpisanie 9 stycznia 2005 roku porozumienia z sudańskim rządem, nadające autonomię 10 prowincjom południowym. Prezydentem kraju został Salva Kiir Mayardit. W grudniu 2005 przyjęto konstytucję, a także zaplanowano przeprowadzenie referendum niepodległościowego. Podpisane porozumienie ustalało wspólny zarząd i podział zysków z wydobycia ropy naftowej ze złóż na granicy Południa i Północy.