9-15 stycznia 2011 roku odbyło się referendum w sprawie niepodległości. Według oficjalnych danych z 7 lutego 98,83% głosujących opowiedziało się za odłączeniem Sudanu Południowego od Sudanu, w następstwie którego 9 lipca 2011 roku o godzinie 0:00 czasu lokalnego (8 lipca 23:00 czasu polskiego) nowe państwo proklamowało niepodległość. 14 lipca 2011, jako 193. członek, został jednogłośnie przyjęty w skład Organizacji Narodów Zjednoczonych. 28 lipca 2011 roku został także przyjęty do Unii Afrykańskiej.
Jeszcze przed proklamacją niepodległości w Sudanie Południowym doszło do buntów wojskowych. Zbuntował się gen. George Athor, który założył Demokratyczny Ruch Sudanu Południowego (SSDM) oraz Peter Gadet, lider Armii Wyzwolenia Sudanu Południowego (SSLA), a także David Yau Yau. Oprócz tego terytoria Sudanu Południowego targane były konfliktami plemiennymi. Ponadto 21 maja 2011 wojska Sudanu zaanektowały sporny region Abyei, co doprowadziło do walk granicznych między Sudanem i Sudanem Południowym. W konflikt zaangażowały się krajowe bojówki, które walczyły po stronie wroga. Sudan Południowy wspierał Sudański Front Rewolucyjny.