Przebieg na Litwie W maju 2022 roku Litwa zadecydowała o przebiegu odcinka Rail Baltiki pomiędzy Kownem a granicą z Polską. Będzie to wariant najkrótszy, przeprowadzony z dala od istniejących na potencjalnej trasie ośrodków miejskich. Trasa będzie przystosowana do ruchu z prędkością do 249 km/h. W lipcu 2022 rozpoczęto budowę mostu nad Wilią o długości 1,5 km, który stanowi jedno z największych wyzwań technicznych na planowanej trasie. Jego ukończenie planowane jest na koniec roku 2026.
W Mariampolu i Szostakowie mają powstać stacje przesiadkowe z połączeń regionalnych na pociągi kursujące Rail Baltiką.
Przebieg na Łotwie W 2020 roku ruszyły prace przy przebudowie dworca głównego w Rydze oraz stacji przy ryskim lotnisku, celem przystosowania ich do obsługiwania Rail Baltiki. W 2021 ogłoszono przetarg na budowę 200 km nowej linii kolejowej. Prace mają potrwać do 2026 roku.
Przebieg w Estonii Trasa Rail Baltiki na terenie Estonii została zaproponowana przez rząd w 2012 roku i ostatecznie zaakceptowana w 2018 r. Będzie ona biec z Tallinna przez Parnawę do granicy z Łotwą, w całości w nowym korytarzu transportowym.