Działalność od 1989 W 1989 działał w Wojewódzkim Komitecie Obywatelskim. W tym samym roku współtworzył Łódzkie Towarzystwo Inicjatyw Społecznych. W 1990 został wybrany na radnego łódzkiej rady miejskiej. Koordynował prezydencką kampanię wyborczą Tadeusza Mazowieckiego. Należał do Ruchu Obywatelskiego Akcja Demokratyczna, po powstaniu Unii Demokratycznej został jej przewodniczącym w województwie łódzkim, którą to funkcję pełnił przez dwie kadencje. W wyborach parlamentarnych w 1991 i 1993 bez powodzenia ubiegał się z listy tej partii o mandat poselski.

W latach 1993–1994 był prezesem zarządu Zakładów Wyrobów Obiciowych VERA. Po wyborach samorządowych w 1994 został powołany na urząd prezydenta Łodzi z ramienia koalicji Unii Wolności (i skupionych wokół niej organizacji startujących w tych wyborach jako komitet „Nowa Łódź”) oraz Łódzkiego Porozumienia Obywatelskiego. Sojusz ten rozpadł się po dwóch latach, kiedy to ŁPO przeszło do opozycji, a Marek Czekalski stworzył nowy zarząd miasta przy nieformalnym poparciu SLD. Urząd prezydenta Łodzi sprawował do końca tej kadencji samorządu (1998).

Rok wcześniej objął stanowisko przewodniczącego łódzkiej Unii Wolności, którą to funkcję pełnił do 2001. Był także członkiem władz krajowych UW.