W 1998 został ponownie łódzkim radnym, a następnie wiceprzewodniczącym rady miejskiej.
W czerwcu 2001, na kilka miesięcy przed wyborami parlamentarnymi, w których miał otwierać okręgową listę kandydatów UW do Sejmu, został zatrzymany i następnie tymczasowo aresztowany pod zarzutem rzekomego przyjęcia łapówki za ułatwienie inwestorom budowy centrum handlowego M1 (tymczasowe aresztowanie uchylono już po dwóch tygodniach)Zostało złożone poręczenie majątkowe oraz poręczenia osobiste m.in. przez Marka Edelmana, Tadeusza Mazowieckiego i Jacka Kuronia (por. ).. Postępowanie karne toczyło się w różnych instancjach przez blisko 10 lat, ostatecznie w lutym 2011 Marek Czekalski (nieprzyznający się do sprawstwa) został prawomocnie uniewinniony od popełnienia zarzucanego mu czynu.
Po odejściu z urzędu prezydenta pracował w spółkach prawa handlowego. Był też wicedyrektorem ds. administracyjnych w łódzkim Muzeum Tradycji Niepodległościowych, a także głównym specjalistą w łódzkim Miejskim Przedsiębiorstwie Komunikacyjnym. W 2013 wszedł w skład rady programowej Centrum Dialogu im.