Za wspólną zgodą wodzem wszystkich trzech połączonych armii został doświadczony hrabia Leven.
Dopiero 16 maja książę Rupert, siostrzeniec króla Karola I, ruszył na północ spod Shrewsbury mając na celu uwolnienie Yorku od oblężenia.
Dotąd zajęty był zaciąganiem świeżych rekrutów, ściąganiem posiłków (włączając kawalerię Goringa) i przywracaniem majątków rojalistów w Lancashire. 14 czerwca Karol I listownie rozkazał mu uwolnienie Yorku, a następnie powrót na południe dla połączenia z oddziałami króla. Rozkazy te były pisane w pośpiechu, gdyż król również był bardzo naciskany przez armie parlamentu, więc list zawierał pewną liczbę niejasnych sformułowań.
„Marsz na York” Rupert maszerował przez Góry Pennińskie z armią liczącą 6 tys. jazdy i 8 tys. piechoty. Dnia 30 czerwca dotarł do Knaresborough, dzień marszu na północny zachód od Yorku. Sprzymierzeni mieli nadzieję na posiłki ze środkowej Anglii dowodzone przez Johna Meldruma i hrabiego Denbigh, jednak wkrótce dotarła do nich wieść, że te wojska nie zdążą na czas. Dlatego porzucili oblężenie i skoncentrowali swe siły na Marston Moor, na skrzydle spodziewanego kierunku marszu armii Ruperta na York (wzdłuż Ermine Street – starej rzymskiej drogi wiodącej z Londynu przez Lincoln do Yorku).