Jednak Rupert maszerował przez Boroughbridge i Thornton Bridge, co sprawiło, że między nim a armią sprzymierzonych znalazła się rzeka Ouse. Później 1 lipca jego wojska pobiły dragonów Manchestera, zostawionego dla strzeżenia mostu pontonowego przez rzekę Ouse k. wioski Poppleton (kilka mil na północ od Yorku). Tymczasem Goring skomunikował się z garnizonem Yorku i wszedł do miasta przez XIV-wieczną bramę Bootham Bar.
Przygotowania do bitwy Po uwolnieniu Yorku było niemal pewne, że Szkoci, Manchester oraz Fairfax wycofają się i rozdzielą swe siły, jednak Rupert nalegał, że jego rozkazy od króla (których Newcastle nie widział na oczy) nakazywały mu pobicie wroga w polu. Dnia 2 lipca armie sprzymierzonych właśnie wyruszały z Marston Moor, gdy ich tylne straże dały znać, że rojaliści przeprawiają się przez zdobyty most pontonowy i posuwają się w kierunku Marston Moor. Wojska sprzymierzonych zaczęły pośpiesznie szykować się do obrony, jednak Rupert nie zaatakował natychmiast.