Małgorzata triumfowała. Jakub V ponownie trafił pod jej opiekę i został umieszczony w Edynburgu. Oficjalnie został uznany za pełnoprawnego władcę Szkocji, ale realną władzę uchwyciła jego matka razem z mężem i hrabią Arran. Rozpoczęło się budowanie pro-angielskiego stronnictwa w Szkocji. Działania te przerwał rozwód Małgorzaty i Angusa w 1527 r., co nastawiło wrogo do Małgorzaty klan Douglasów, którzy porwali Jakuba i umieścili go w pałacu Falkland.
Ostatnie lata Małgorzata postarała się o potwierdzenie rozwodu w Rzymie i poślubiła znacznie młodszego od siebie Henryka Stewarta. W 1528 r. jej syn uciekł z Falklandu i objął rządy samodzielne, ale matka i ojczym pozostali w jego łaskach. Henryk uzyskał nawet tytuł lorda Methven. W 1534 r. przyczyniła się do podpisania pokoju z Anglią, żyła również w dobrych relacjach z żonami syna – Magdaleną de Valois i Marią de Guise.
Małgorzata zmarła 18 października 1541 r. w Perthshire po ciężkiej chorobie i została pochowana w Carthusian Abbey of Saint John w Perth. Jej syn przeżył ją tylko o rok. Dzięki Małgorzacie Stuartowie posiedli prawa do tronu angielskiego.