W roku 1603, po bezdzietnej śmierci ostatniej z Tudorów, Elżbiety I, bratanicy Małgorzaty, prawnuk królowej Szkocji Jakub VI wstąpił na tron Anglii jako Jakub I, doprowadzając do unii personalnej Anglii i Szkocji i zjednoczenia wyspy.
Rodzina 8 sierpnia 1503 r. w Holyrood Abbey w Edynburgu Małgorzata poślubiła Jakuba IV Stuarta (17 marca 1473 – 9 września 1513), króla Szkocji, syna króla Jakuba III i Małgorzaty, córki króla Danii Chrystiana I. Mieli razem czterech synów: Jakub (21 lutego 1507 w Holyrood Palace – 27 lutego 1508 w Stirling), książę Rothesay nieznana z imienia córka (ur. i zm. 15 lipca 1508 w Stirling) Artur (20 października 1509 w Holyrood Palace – 14 lipca 1510 w Edynburgu), książę Rothesay Jakub V (10 kwietnia 1512 – 14 grudnia 1542), król Szkocji córka (ur. i zm. w listopadzie 1512 w Holyrood Palace) Aleksander (30 kwietnia 1514 w Stirling – 18 grudnia 1515 tamże), książę Ross