Długotrwałe oblężenie Samarkandy zostało opisane przez Babura w jego pamiętnikach. O zdobyciu Samarkandy na zawsze i utrwaleniu władzy w Azji Środkowej marzył całe życie. Babur zwracał się w czasie oblężenia o pomoc do innych Timurydów, szczególnie do Husajna Bajkary władającego w Heracie, ale nie otrzymał od nich wsparcia.
Po śmierci Szejbaniego w 1510 w bitwie stoczonej w okolicach Merwu z siłami Isma'ila, szacha Iranu z dynastii Safawidów, Baburowi udało się na krótko jeszcze raz opanować Samarkandę, gdy wykorzystał powstałe zamieszanie w państwie Szejbanidów. Jako władca Kabulu, przybył szybko drogą przez Kunduz do Hisaru i pokonał w 1511 bitwie pod Pul-i sangin nad Wachszem wojska szejbanidzkie. Opanował centralny Mawarannahr wraz z Samarkandą, Bucharą i Karszy. Jednakże w dość krótkim czasie zraził do siebie miejscową ludność, gdy manifestował swoje szyickie poglądy i zaczął psuć pieniądze.