Jędrzej Czajkowski (ur. 11 października 1947) – polski admirał floty i morski dyplomowany oficer pokładowy okrętów podwodnych. W okresie od 1965 do 2005 służył w Marynarce Wojennej. Karierę zakończył na stanowisku dowódcy Centrum Operacji Morskich.
Wykształcenie Jędrzej Czajkowski urodził się 11 października 1947 w Górznie. W latach 1965–1969 był słuchaczem na Wydziale Pokładowym w Wyższej Szkoły Marynarki Wojennej w Gdyni. Po ukończeniu studiów otrzymał promocję oficerską i tytuł inżyniera nawigatora statku morskiego. Jest również absolwentem studiów II stopnia w Wyższej Szkole Marynarki Wojennej (1979) oraz Podyplomowych Studiów Operacyjno-Strategicznych w Akademii Sztabu Generalnego w Warszawie (1988). W latach 1985–1986 odbył kurs w Ośrodku Szkolenia Floty Bałtyckiej ZSRR.