Po przegranej pod Edgehill Rupert proponował królowi błyskawiczny rajd kawaleryjski na Londyn przed powrotem tam armii hrabiego Essexa. Jednak starzy doradcy monarchy nalegali, by odbywał on powolny marsz ku stolicy siłami całej armii. Tymczasem oddziały Essexa przybyły do Londynu i przygotowały obronę miasta. Rojaliści utracili najlepszą okazję do szybkiego zakończenia wojny. Rupert kontynuował swoje sukcesy wojskowe, w 1643 zdobywając Bristol, a w 1644 poprowadził odsiecz dla ocalenia Newark.
W listopadzie 1644 książę został naczelnym wodzem armii rojalistów, co z miejsca wzmogło i tak istniejące znaczne napięcia pomiędzy nim a członkami rady królewskiej. W maju 1645 zdobył Leicester, lecz stoczona miesiąc później bitwa pod Naseby odwróciła losy wojny. Rupert uznał wówczas sprawę rojalistów za przegraną i nakłaniał króla do zawarcia pokoju z parlamentem. Jednak wbrew wszystkim okolicznościom Karol nadal wierzył, że może wygrać wojnę. Będąc w beznadziejnej sytuacji, broniący Bristolu Rupert skapitulował w sierpniu 1645;